הוא מסרב לכאורה לפטר את אחת מעובדות הלשכה שלו, פיטורים שנדרשו בשל הוראות שבעלי אותה משפחה לא יעבדו בנמל כשאחד מהם מכהן בתפקיד כלשהו בלשכות היו"ר, המנכ"ל או היועמ"ש. שהוא תיאם לכאורה "שביתה איטלקית" בנמל עם ועד העובדים והעומד בראשו אלון חסן, ולכן העבודה בנמל התבצעה בתפוקה חלקית.

גם על פי כתב ההגנה שהגישה ההסתדרות לבית הדין הארצי לעבודה, הסיבה לעיצומים היא חיכוכים בין יו"ר הנמל החדש גדעון סיטרמן והמנכ"ל סגיס, בטענה שהיו"ר מנסה להתערב בעבודתו של המנכ"ל.

לדברי בכירים בנמל, משלא נמצאה הדרך לשדרג מועמדים, סיטרמן הטיח בסגיס שכלל המכרזים לנמל, שמבוצעים על ידי מכון קינן שפי, הם תפורים.
ההאשמה החמורה הובילה להעלאת כלל הטענות של סגיס על כתב והגשתן לדירקטוריון החברה, שעדיין לא השלים את הדיון בנושא.

יו"ר הנמל, גדעון סיטרמן, הגיב:
"אני לא חבר של המנכ"ל ולא מצפה ממנו להיות חבר שלי.
כשהגעתי לנמל גיליתי שתוכנית ההשקעות שעליה החליט הדירקטוריון במגוון תחומים נמצאת בתת ביצוע ודרשתי לדעת מדוע.
אינני מסיר מזכויותיו של סגיס, אבל אף תפקיד הוא לא לכל החיים ומנכ"ל יימדד ביחס לתוצאות שהוא משיג.
זו הפעם הראשונה שאני נתקל במנכ"ל שמפעיל לכאורה את הוועד כדי שלא לקיים החלטות דירקטוריון".