המחלוקת העיקרית בין הממשלה לוועדי העובדים בנמל היא על  הבעלות על רציפים 24 ו-25 .

כישראל כץ כיהן כשר התחבורה, הוא ביקש שהרציפים יעברו לגורם פרטי. ועדי העובדים התנגדו  וראו בכך איום מבית, שיתווסף לנמל הפרטי החדש באשדוד שיפתח בעוד כשנה מהיום.  

השרה החדשה, מירי רגב, דווקא עם העובדים. היא פועלת להשאיר את הרציפים בידי המדינה.

הרפורמה המתגבשת בנמל אשדוד, כללת העברת שני רציפים לידי העובדים, פרישת עובדים מרצון תמורת פיצויים גבוהים יחסית, בעלות מוערכת של כשלושה מיליון שקל חדשים לעובד. (סכום שמגלם את עלות העסקת עובד דור א' בנמל אשדוד, שעלותו נאמדת בכ־32 אלף שקל לחודש). על פי  רשות החברות - כ־270 עובדים מיועדים לפרישה.

עוד עולה ברפורמה - 10 שנות הגנה לעובדים מפני פיטורים.

בנמל מעריכים שעם פעילות הנמל החדש, תהיה ירידה תלולה בהכנסות חברת נמלי ישראל בשיעור של כ־40% מהמצב הקיים.

מכאן שלשם התמודדות של החברה עם התחרות הצפויה מצד הנמל החדש והפרטי שמוקם שם בימים אלו, הנמל הקיים מחויב ליישם תוכנית התייעלות משמעותית יותר שתביא לחסכון נרחב יותר בהוצאות החברה, הם מבקשים לאשר תכנית פרישה גדולה יותר בכמות העובדים ומצומצמת יותר בסך העלות שתשולם לכל עובד פורש, לצד יישום הליך ההפרטה של החברה באופן מידי.