הרב שמואל אריה לוין, אחד מהוגי הדעות וממתווי הדרך ההשקפתית של אנשי הפלג הירושלמי, טען בנאומו נגד 'דגל התורה' באשדוד כי "ראש ישיבת מעלות התורה הוא שותפו של הקב"ה".

בדבריו אמר:
 "אני מציע לכל אותם אלו שזלזלו בכבוד תורתו של ראש ישיבת 'מעלות התורה' שגם דן דין אמת לאמיתה של תורה, שידעו שלא משחקים מישחקים עם שותפו של הקב"ה ושילכו אליו לבקש את מחילתו".

בדרשה שנשא בפני אברכים ותלמידי ישיבה בעיר אשדוד התייחס גם למאבק הפנים הליטאי ועל נושא בני הישיבות, לימודי הליבה והגיוס:

"רבי שמואל אוירבך אומר שהחוק שנחקק בענין הצבא הוא מסוכן. זה שמד. אז צריך להרוג אותו בגלל זה? אחרים סבורים אחרת, אז סבורים אחרת אז מה?!  אבל יש כאלה שאוחזים שזו גזירת שמד. החוק הזה הוא תחילתו של שמד שמד. וכעת רוצים שהחוק הזה ימשיך כדי שלא נוכל לבטל אותו. הרב שך כך אחז? זה מה שצריכים לעשות?

אני זוכר שמשה דיין הגיע לוועד הישיבות עם הצעה לתת סך מסוים של פטורים מהצבא, הרב שך לא הסכים מפני שסבר שאין לנו את הכוח והבעלות על אותם בחורים שיצטרכו כן ללכת לצבא למרות שמשה דיין איים שאם לא יסכימו לכך כל ההסכמים יתבטלו, ואכן החוק שגובש בשעתו התבטל בגלל זה. והיום? מעבירים רשימות של בחורים לצבא כדי שיעצרו אותם.

בשעתו, ניגש לרב שך אחד מחשובי ראשי הישיבות ושאל אותו אם הרב שך לוקח את האחריות על עצמו, ענה הרב שך אני לוקח את זה על אחריותי, זה תורה. אמנם היו כאלו שחלקו על הרב שך וסברו שיש מקום להסכים עם הפשרה, אז התהפך העולם?

כשהרב מפוניבז כיהן כרבה של בריסק, הקים כולל שיחנך על טהרת הקודש. הגיעו אליו עסקנים ראשי הקהילה שהתלוננו כי אמנם חיזוק מוסדות הקהילה הוא דבר חשוב, אך עדיין צריכים ללמוד לימודי חול. הזדעק הרב מפוניבז; לא יקום ולא יהיה כי איך אפשר להסכים לכזה דבר. איימו עליו העסקנים כי אם לא יסכים ידאגו שיבוטלו התקציבים.

לפיד לא היה הראשון שעשה כאלו דברים.

הרב מפוניבז לא ידע מה לעשות לנוכח איומי העסקנים. ביקש יממה והלך לשאול בעצתו של החפץ חיים, ענה לו החפץ חיים, תדע שלא לכל שאלה יהיה חפץ חיים אז דע לך כלל; בכל מלחמה כשיש שני צבאות שנלחמים וצריכים לבחור צד תבדוק למי יש צבא חזק יותר, ואם לא תוכל לדעת מי יותר חזק, אל תתערב. חידד החפץ חיים את דבריו ואמר הצבא שלהם לא יותר חזק ולכן תיכנע לתקציבים, להיפך. לך יש את הקב"ה כי אתה הולך בדרך התורה לכן אין לך ממה לפחד. אסף הרב מפוניבז את העסקנים ראשי הקהילה והודיע להם שאין הסכמה מצידו והוא יוצא נגדם למלחמה.

אותם עסקנים ראשי הקהל כשנוכחו לראות את נחרצותו של הרב אמרו לו שלא התכוונו לכך וכי הם מסכימים לדבריו.

כי כך צריכים לנהוג עם רשעים - הקהה את שיניו, לא לוותר על שום דבר. כי אם מוותרים להם הם נהיים בעלים עליך.

גם בשעבוד מצרים שבט לוי היה משוחרר מעבדות. פרעה מלך מצרים היה חזק הרבה יותר מלפיד ומנתניהו והייתה לו את ההבנה הבסיסית כי שבט לוי משוחרר מעבדות. הקב"ה מנהיג הנהגה מיוחדת עם שבט לוי ואומר עליהם 'שלי הם', ולשבט לוי אין חובת צבא ושיעבוד. הרמב"ם אומר שכל אחד יכול להיות משבט לוי. רבותיי, אנחנו שבט לוי. לכן לא צריכים לפחד מאף אחד כי הקב"ה איתנו.

מאז שקמה המדינה רצו לעקור את לומדי התורה ושומרי המצוות מהשורש, ולא יכלו ולא הצליחו אף פעם. זו האמונה שלנו ואיתה אנחנו נלך בכל מקום ומול כל קושי. וזהו החינוך שאנחנו צריכים למסור בכל דור ודור לדורות הבאים. זה נס שבדור תהפוכות כמו שאנחנו נמצאים בו שיש אנשים שחושבים בדרך האמיתית והנכונה.

התורה היא קיום העולם. כל הניסים שקורים בארץ הקודש הם בזכות לימוד התורה. לכן צריכים לשמור על התורה. ומי ישמור על התורה? הם? אנחנו צריכים לשמור. הם צריכים להיות סגני שרים וחברי כנסת.

הם ישמרו על עם ישראל? הם שומרים על הכיסא שלהם! הם לא דואגים אפילו לרגע אחד מה יהיה עם עולם התורה. איפה האמונה שלהם?

ריבונו של עולם - חוק הגיוס?! ולא איכפת להם. אומרים לנו תשתקו, החוק יעבור ואחר כך נראה איך מחזירים את החוק בחזרה, ובכל מסנוורים את עיניהם של ישראל.

בעוד שהחוק הזה הוא סכנה. אסור לתת לחילונים שום חלק מעולם התורה.

רק מה, החילונים רוצים? שילחמו, ובכך הם נלחמים נגד הקב"ה. זו מלחמת עמלק.

חלילה לנו מלעשות עם המדינה הסכמים על עולם התורה, כל הסכם שנעשה יפעל לרעתינו, לכן לא נעשה איתם הסכמים, לא ולא. ואין לנו מה לפחד כי ה' איתנו. אנחנו בחרנו בצבא החזק.

השטן מנסה לפגוע בעולם התורה כי הוא לא יכול לסבול את הפריחה והשגשוג של עולם התורה, כל הברזים נסגרו, ועדיין התורה ממשיכה להדהד. וזה כי יש הקב"ה בעולם.

תורה ללא תקציבים ומתוך בית הסוהר מתוך אמת אמיתית זו קבלת התורה אמיתית. כי לזה ייקרא לכתך אחריי במדבר בארץ לא זרועה. וזו קבלת התורה האמיתית מתוך מסירות נפש.

אני מציע לכל אותם אלו שזלזלו בכבוד תורתו של ראש ישיבת 'מעלות התורה' שגם דן דין אמת לאמיתה של תורה, שידעו שלא משחקים משחקים עם שותפו של הקב"ה.  ושילכו אליו לבקש את מחילתו.