לפני כחמישה חודשים הרב החל לרצות את עונש שנת המאסר שנגזר עליו. עד אז הוא חי חיי תהילה וספג הערצת המונים בארץ ובעולם. כל המי ומי חיזרו לפתחו ובקשו את קרבתו.

מאז, הוא שוהה מאחורי סורג ובריח במרכז הרפואי של שב"ס (מר"ש) המרכז שוכן במתחם השב"ס ברמלה סמוך לכלא מעשיהו ואיילון.

מצבו של הרב אינו מאפשר טיפול בתנאי מאסר רגילים. זו הסיבה שבעקבותיה הוא נכלא במר"ש, שבו מאושפזים גם חולים קשים וכרוניים.

הרב ניזון בצורה מינימלית בעיקר בשל המלצת רופאיו.

מאז מעצרו הוא השיל קילוגרמים רבים ממשקלו, הוא נראה חלש, תשוש ורזה מאד. הוא כמעט ולא אוכל את האוכל המוצע בבית הכלא.

בימי השבוע הרב מסתפק בארוחת בוקר קלה, בצהריים הרב נמנע מאכילה ואוכל מרק "נמס בכוס", ובערב פרי וירק בלבד.

בשבת הרב פינטו אוכל עוף עם ביצים שהוא מכין לעצמו.

למרות מחלת הסרטן ממנה הוא סובל, כבר קרוב ל3 חודשים שהוא אינו עובר הקרנות אלא לבדיקות בבית החולים הדסה עין כרם בירושלים בלבד.

הוא זקוק לעבור ניתוח בדופן הבטן בכפוף לאישור שב"ס.

המקום בו שוהה הרב:

המרכז הרפואי של שרות בתי הסוהר,  הוא מתקן כליאה לכל דבר עם  חלונות מסורגים, חצר לטיולים על הגג, שאליה יוצא הרב פינטו פעמיים בשבוע בלבד.

יחד עימו שוהה אסיר עבודה שמסייע בטיפול ברב.

התא של הרב מצולם 24 שעות ביממה.

סדר היום של הרב והבידוד:

בעקבות מחלתו ומערכת החיסון החלשה שלו - הרב שוהה בתנאי בידוד קפדניים ונאסר על האסירים האחרים ליצור עימו מגע.

הוא וצא מהתא לתפילות במניין בית הכנסת בשבתות בלבד.

סדר יומו של הרב נפתח בשעה  5:15, שעת הספירה הראשונה בכלא.

ב06:00 הוא מתפלל ביחידות תפילת שחרית, לרוב ביחידות .

הוא יצא לתפילה בבוקר, שמע את קריאת התורה ועשרת הדיברות וחזר לתא תחת מעקב ופיקוח צמוד של אנשי שב"ס.

בשעה 7:00 הוא מתייצב לבדיקת מדדים ובדיקת לחץ דם ראשונה.

ב 09:00 הוא עובר בדיקה שגרתית של רופא.

ב 10:00 -שעת הביקורים ( רק אחיו והוריו מגיעים לביקור. רעייתו, הרבנית לא מגיעה בשל מצבה הנפשי ובעקבותיה גם בנו יואל טרם ביקר אותו).

חסידיו הרבים והמפורסמים שבקשו לבקרו, נענו בשלילה.

בשעה 12:00 משוחח הרב בטלפון ומתעדכן קבוע עם בני משפחתו על המוסדות שלו בארץ ובעולם. כמו כן מבקש לעיין עבורו בספרי קודש שאין לו בכלא.

בשעה 14:00 וב-18:00 עובר הרב בדיקות רפואיות נוספות

ב-22:00 הוא נוטל תרופות בפעם השנייה.

סדר יומו של הרב מסתיים קצת אחרי חצות, כשהוא מסיים את "תיקון חצות" שהוא עורך בתא.

כותב ספרים:

הרב מקדיש את רוב שעות היום לכתיבת ספרי קודש חדשים. הוא מעביר למשפחתו באמצעות הטלפון את הטקסטים שהוא כותב ואת רוב שעות היממה בכלא הוא מקדיש לכתיבה.

שלושה חודשים אחרי שנכלא, יצא כבר לאור ספר פירושים שחיבר הרב על מזמורי תהילים ובמקביל הוא כותב שלושה ספרים נוספים על פירושים של קבלה מעשית .