מחירה של כל צוללת שנרכשה מתיסנקרופ הגרמנית הוא כ–400 מיליון יורו, ומחירן של ארבע ספינות השטח שנרכשו מהחברה ב"עסקת מים כלכליים" מסתכם ב–430 מיליון יורו.

משום מה אין כמעט התייחסות לעלויות התפעול והתחזוקה האסטרונומיות של הספינות והצוללות במשך השנים.

מסתבר שחיל הים ידרש להפנות מתקציבו החל ב–2020, בכל שנה, כ–260 מיליון שקל לתפעול ארבע הספינות שיקבל מתיסנקרופ. ראש מינהל הרכש במשרד הביטחון לשעבר, שמואל צוקר, אמר בראיון ל–TheMarker באמצע 2017, עם פרוץ הפרשה, כי "כשאמרתי בזמנו תציגו לי את עלות החזקת הספינות לאורך כל מחזור החיים שלהן, לא קיבלתי תשובות".

אלוף במיל' עמוס ירון, לשעבר מנכ"ל משרד הביטחון, אומר כי "הראשון שיצטער על כל המהלך של רכישת כלי השיט הוא חיל הים, כי לא יהיה לו כסף להחזיק את סדר הכוחות הזה. כוח האדם הנדרש, חלקי החילוף והתשתיות שצריך לבנות, עולים הרבה כסף. תוספת הצוללת השישית לצי הישראלי מבשרת על עוד מתקן כזה שיש להקים. לא יהיה לצבא די תקציב לכך.

בשנתיים־שלוש הקרובות ישראל צפויה להיות במצוקה תקציבית ונראה הרבה עימותים סביב תקציב הביטחון. אם לא די בכך, אחרי שהיו לנו חמש שנים שקטות בגזרה הזאת.

עתה ראש הממשלה אומר שצריך להגדיל את תקציב הביטחון".

עלות התפעול של הצוללת השישית, אח"י דרקון, שעסקת הרכש שלה מתיסנקרופ נבדקה בפרשה 3000, תהיה כרבע מיליארד שקל בשנה.

בסך הכל, ההערכה היא שתושת על חיל הים הישראלי החל מתחילת העשור הבא עלות תפעול שנתית נוספת של כחצי מיליארד שקל בגין הצוללת השישית והספינות.

הרמטכ"ל הטרי, אביב כוכבי, צפוי לדרוש תוספת של 3–4 מיליארד שקל בשנה לתקציב. אחת הסיבות לכך היא העלויות שסופג הצבא בשל תפעול כלי השיט שנרכשו.

בצל ההליך המשפטי בפרשה 3000, אחת ההחלטות הראשונות ששר הביטחון הבא יצטרך לקבל תנגע בקידום הרכישה של שלוש צוללות נוספות. מדובר על צוללות 7–8–9, שנתניהו שאף לקדם את רכישתן כבר לפני שלוש שנים ונתקל בהתנגדותו של שר הביטחון דאז, משה יעלון — שנאלץ לעזוב את תפקידו על רקע התנגדותו.

במשרד הביטחון התנגדו לרכישת הצוללות. ההתנגדות נבעה לא רק מחוסר היכולת לממן את רכישת הצוללות, אלא גם משום שחיל הים לא יצליח לעמוד בתפעול והתחזוקה של צי צוללות כה גדול בגלל היעדר כוח אדם — הן ברמת צוותי הספינות והן ברמת המספנות.

הרעיון המקורי, שלפיו הצי הישראלי יגדל לתשע צוללות, כבר לא יתממש. אבל שלוש הצוללות האלה יהיו נחוצות בהמשך, כדי להחליף את הצוללות הישנות. הצוללת הראשונה שרכשה ישראל מגרמניה הגיעה ב–1997. תקופת הפעילות המבצעית של כל צוללת היא כ–30 שנה. המשמעות היא שהצוללת תצא מפעילות ב–2027.